สงสัยตรงช่วงนี้คือ
#innodb_adaptive_checkpoint = 1
#innodb_io_capacity = 1000
#innodb_write_io_threads = 16
#innodb_read_io_threads = 16
ที่มีการ comment ไว้ แล้ว percona ต้องใช้การตั้งค่าดังกล่าวไม่ใช่หรือครับ หรือไม่จำเป็นแล้วครับ
mysql ธรรมดา ต้อง comment ไว้ หรือ ลบออกไปเลย 4 บรรทัด
#innodb_adaptive_checkpoint = 1
#innodb_io_capacity = 1000
#innodb_write_io_threads = 16
#innodb_read_io_threads = 16
ส่วน percona ต้องเปิดไว้
innodb_adaptive_checkpoint = 1
innodb_io_capacity = 1000
innodb_write_io_threads = 16
innodb_read_io_threads = 16