-ถ้าเป็น  os+software  ผมขอแนะนำ  อย่างนี้ครับ
1. centos 4.8 / 5.4   รัน text mode นะครับ  จะได้ประหยัด ram 
2. mysql5.1.40 - 41
3. my.cnf   อย่างเหมาะสม  
 
key_buffer = 384M
innodb_buffer_pool_size = 384M
innodb_log_file_size = 100M
3 บรรทัดผมว่าน่าจะเหมาะสม
อันนี้เป็น config  ติดตั้ง  mysql ใหม่นะครับ   ระวังอย่าปรับกับ  server ทีใช้อยู่
4.ที่สำคัญทำ tables  ให้เป็น  InnoDB  ด้วย  โดยเฉพาะ tables หลักๆ  เช่น
Table : vn_stat is innodb !
Table : rcpt_print_detail is innodb !
Table : rcpt_print is innodb !
Table : patient is innodb !
Table : ovstdiag is innodb !
Table : ovst is innodb !
Table : opitemrece is innodb !
Table : opdscreen is innodb !
Table : onlineuser is innodb !
Table : lab_order is innodb !
Table : lab_head is innodb !
Table : iptdiag is innodb !
Table : ipt is innodb !
Table : incoth is innodb !
Table : incith is innodb !
Table : doctor_order_print is innodb !
Table : an_stat is innodb !
ถ้าทำตาม 4 ข้อแล้ว ยังไม่หาย  คงเป็นสาเหตุอื่นแล้ว  ผมตอบไม่ได้   
อ.ท่านอื่น มีความคิดเห็นอย่างไรครับ