..ปัญหาของ HD ที่เคยติดตั้ง Linux คือ ระบบของ Patition ของ Linux(Linux Ext2,3) จะต่างจาก Windows(FAT, FAT32, NTFS) ดังนั้นตัวจัดการ HD ของแผ่นบูต Windows อาจจะไม่รู้จัก Patition ของ Linux ทำให้ลบ Patition ของ Linuxไม่ได้ (Fdisk ไม่รู้จักแน่นอน แต่จากแผ่น Boot ของ XP ไม่แน่ใจยังไม่เคยลองครับ)...
..และอีกอย่าง การติดตั้ง Windows ใน HD สามารถมีแค่ Patition เดียว(Drive:\C)ได้ แต่ใน Linux จะต้องมี 2 Patition(Linux native กับ Linux swap ถ้าจำไม่ผิด) และยังอาจเป็นปัญหาในส่วนของ mbr ของ HD ที่แตกต่างกันด้วย....