Linux ยังมีการใช้งาน Swap memory (430340k) อยู่นะครับ ลองปรับ my.cnf ลด key_buffer_size ลงเหลือ 200M นะครับ
แล้วเพิ่ม
innodb_support_xa=0
innodb_locks_unsafe_for_binlog=1
innodb_thread_concurrency=0
innodb_doublewrite=0
innodb_flush_log_at_trx_commit=2
เข้าไปด้วยครับ