น่าจะเกิดจาก mysql ไม่ได้ทำงานตามค่า my.cnf ที่อยู่ใน /etc/my.cnf น่ะครับแต่มันจำค่าเดิมที่ลงโปรแกรม
ครั้งแรกอยู่ ลองเช็คไฟล์ .err ที่อยู่ใน /var/lib/mysql ดูก่อนครับถ้าใช่วิธีแก้คือลบไฟล์ที่ขึ้นต้นด้วย ib ใน /var/lib/mysql มีประมาณ 3 ไฟล์ถ้าจำไม่ผิดแล้วสั่ง restart mysql ใหม่ครับ